Semua orang mengira bahwa Ozunu Clan, sebuah klan pembunuh yang tak akan ragu-ragu menghabisi nyawa orang, hanyalah sebuah mitos yang hidup dalam masyarakat selama ratusan tahun. Tapi mitos itu adalah sesuatu yang nyata buat Raizo (Rain) karena Raizo adalah bagian dari Ozunu Clan. Raizo adalah salah satu mesin pembunuh klan ini.

Raizo telah menjadi bagian dari klan ini sejak ia masih kecil. Raizo diculik kelompok ini dan selama bertahun-tahun dilatih menjadi mesin pembunuh yang efektif. Satu kesalahan Ozunu adalah membunuh sahabat baik Raizo dan peristiwa tragis ini membuat Raizo menjadi musuh besar kelompok yang tak pernah diketahui keberadaannya ini. Raizo bersumpah akan membalaskan dendam sahabatnya dan melarikan diri dari Ozunu Clan.

Di saat yang bersamaan, seorang agen Europol bernama Mika Coretti (Naomie Harris) yakin bahwa ada sebuah sindikat pembunuh dari Timur Jauh yang terkait serangkaian peristiwa pembunuhan para petinggi politik di banyak negara. Tak mengindahkan perintah Ryan Maslow (Ben Miles), atasannya, Mika pun melanjutkan penyelidikannya.

Ozunu Clan yang mengetahui bahwa Mika mencurigai keberadaan mereka kemudian memerintahkan Takeshi (Rick Yune) untuk menghabisi agen Europol ini. Kalau tanpa bantuan Raizo, Mika bisa jadi sudah mati di tangan Takeshi. Tak punya pilihan lain, kini Mika hanya bisa mengandalkan bantuan Raizo untuk menggulung komplotan pembunuh yang berbahaya ini.

Yuda (Iko Uwais), merupakan pemuda asal Minangkabau, Sumatera Barat. Dalam masyarakat Minangkabau, setiap anak laki-laki harus menjalankan tradisi merantau. Ia harus meninggalkan keluarganya, ibu tercinta, Wulan (Christine Hakim), dan udanya, Yayan (Donny Alamsyah), kenyamanan dan keindahan kampung halamannya.

Dalam perantauannya di Jakarta, nasib mempertemukan Yuda dengan yatim piatu Adit (Yusuf Aulia) dan kakaknya, Astri (Sisca Jessica), yang akan menjadi korban organisasi ilegal human trafficking. Organinsasi ini dipimpin seorang Eropa, Ratger (Mads Koudal) dan tangan kanannya Luc (Laurent Buson). Yuda pun berhasil menyelamatkan Astri dan Adit. Mereka pun harus lari dari kejaran orang-orang dari organisasi tersebut.

Apakah Yuda akan berhasil menghadapi organisasi tersebut?

Berawal dari persahabatan 5 pemuda, Ale (Fathir), Jarot (Vino G Bastian), Lukman (Dion Wiyoko), Sadat (Ali Syakieb), dan Jago (Dallas Pratama). Umur yang masih muda, membuat mereka sangat berambisi dan cenderung menggunakan kekerasan dalam menyelesaikan masalah. Ale yang terlihat memiliki jiwa kepemimpinan, dianggap sebagai leader kelompok ini.

Suatu hari dalam pertandingan sepak bola, mereka terlibat perseteruan dengan kelompok lain. Ale saat itu sedang terdesak, namun Jarot datang menyelamatkannya. Sayang, secara tak sengaja Jarot menusuk lawan dengan pisau. Ale dkk yang panik melihat korban jatuh bersimbah darah, langsung meninggalkan Jarot sendirian.

Akibat perbuatannya, Jarot harus mendekam di dalam penjara seorang diri. Tak ada satu pun sahabat-sahabatnya yang mau peduli. Ia pun merasa telah dikhianati teman-temannya sendiri. Perasaan kecewa dan sakit hati membuat Jarot ingin membalas dendam.

Selepas dari penjara, ia langsung bergabung dengan kelompok Naga Hitam yang notabene musuh dari kelompok Ale dkk. Permasalahan pun semakin rumit. Mulai dari Jarot yang tidak sengaja bertemu adik Ale, Aisya (Fanny Fabriana), perempuan yang dulu pernah ia cintai, hingga perdagangan narkoba antar dua kelompok ini.